Berdirinya Balai Tekkomdik DIY tidak lepas dari Kebijakan Otonomi Daerah pada tahun 2002 yang berdampak pada pengembangan Sanggar Teknologi Komunikasi (Tekkom) Yogyakarta sebagai Unit Pelaksana Teknis Pusat Teknologi Komunikasi Pendidikan (Pustekkom) Depdiknas menjadi Balai Teknologi Komunikasi Pendidikkan (Balai Tekkomdik) Daerah Istimewa Yogyakarta sebagai Unit Pelaksana Teknis Daerah.

Balai Tekkomdik DIY ditetapkan sebagai UPT Daerah di bawah Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga DIY berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi DIY Nomor 7 Tahun 2001 tentang Pembentukan Organisasi Unit Pelaksana Teknis Daerah pada Dinas. 

Uraian Tugas Pokok dan Fungsi Balai Tekkomdik DIY ditetapkan dalam Surat Keputusan Gubernur DIY nomor 159 Tahun 2002 tentang Tugas dan Fungsi Pokok UPTD Provinsi DIY, dengan personal seorang Kepala Balai, Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Kepala Seksi Produksi, Seksi Evaluasi dan Pelaporan, dan Kelompok Jabatan Fungsional.

Berdasarkan terbitnya peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2008 tentang SOTK dan tugas pokok dan fungsi dinas dan UPT di lingkungan Pemerintah Provinsi DIY serta dalam rangka meningkatkan efisiensi kinerja lembaga – lembaga pemerintah, Balai Tekkomdik DIY tetap sebagai UPT Daerah di bawah Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olah Raga DIY dengan struktur organisasi yang sama dengan penyesuaian  nama seksi dari Seksi Produksi menjadi Seksi Pengembangan dan Produksi, dan Seksi Evaluasi dan Pelaporan menjadi Seksi Layanan dan Promosi.